スペーストンネル2に乗って最低国に行った後でセーブすると
もう戻れないんでしょうか？

はい。エンディングには戻れますけど、普通に戻るのは不可能です。
ノンセーブでゲームオーバーしても何故かスペーストンネル２の前で復活します。
某裏技を使用すれば可能ですが、その裏技に必要なアイテムを持っていなければ戻れません。